La respuesta corta es que no.
Puedes crear Aliases de las dos carpetas, y luego soltarlas en otra carpeta (que luego arrastras al dock) pero esto sólo te da esas carpetas en una carpeta del dock...
PERO... puedes hacer que funcionen dentro de una carpeta.. Y puede que te guste esta opción...
- crear una carpeta que utilizarás para soltar en el dock.
- hacer alias de la carpeta ~/App y de la carpeta /App
- y los coloca en esa carpeta.
- ponerlo en el banquillo de los acusados
- haga clic con el botón derecho del ratón y márquelo como Lista.
Ahora te permitirá "saltar" a cada una de esas subcarpetas en el fly....
mira esta URL: http://www.macworld.com/article/1160337/dock_access.html