He notado este comportamiento en el Terminal.app de Lion:
Digamos que tengo un texto seleccionado en una ventana de terminal no activa. Es decir, otra ventana está activa - podría ser otra ventana de terminal, o la ventana de otra aplicación. Si hago clic en la ventana con el texto seleccionado sin hacer clic en la propia selección, el texto permanece seleccionado cuando la ventana se activa. Sin embargo, si el clic se hace sobre el texto seleccionado, el texto se deselecciona.
¿Existe una forma de evitar el comportamiento de no seleccionar? Tengo que evitar conscientemente hacer clic en la selección, de lo contrario tengo que volver a seleccionar (muy molesto porque la selección de texto a menudo requiere un movimiento preciso del puntero). El comportamiento también es inconsistente sin razón aparente - ¿por qué tener un comportamiento especial si se hace clic en el texto?
ACTUALIZACIÓN
Esto sólo parece ocurrir con el perfil básico (aunque no he probado todos). Si uso algo como Grass o Homebrew, la selección se mantiene.