El protocolo IMAP tiene este tonto concepto de un mensaje que ha sido marcado como borrado pero que en realidad no ha sido borrado.
El iPad sólo marca el correo como eliminado. El cliente IMAP del iPad considera que esto es suficiente para que el mensaje desaparezca, y ya no se puede ver cuando se utiliza ese cliente. El correo web quiere que el mensaje sea REALMENTE borrado antes de que desaparezca. Si sólo se marca como borrado, seguirá apareciendo... con una línea tachada.
Para conseguir que el mensaje desaparezca del correo web, es necesario borrar los mensajes eliminados. La interfaz del correo web puede ofrecer una forma de hacerlo directamente, o bien lo hará automáticamente cuando elimines cualquier mensaje desde la interfaz del correo web. Cuando se borran los mensajes, se borran todos juntos, por lo que basta con borrar un solo mensaje, y todos los demás correos marcados como borrados (tachados) en la misma carpeta seguirán.