¿Mantener el copy/paste y la TOC en el PDF convertido desde el ebook?

Supongo que lo primero sería investigar la salida de PDF de Calibre para ver si cumple con las especificaciones, y si tiene opciones que Preview podría preferir.

Ghostscript normalmente debería conservar los marcadores y otras anotaciones. Tal vez se puede establecer explícitamente -dPDFSETTINGS=/default .?

Ver la respuesta larga aquí sobre el uso de GS:

https://superuser.com/questions/466031/how-do-i-reduce-a-pdfs-size-and-preserve-the-bookmarks

Si eso no funciona, puedes usar este script de Python, que copiará los Marcadores de un PDF a otro. Tenga en cuenta que sobrescribirá el PDF de destino.

#!/usr/bin/python

# Copy PDF Table of Contents from one PDF to another.
# 
# copyOutlines.py <source file> <destination file>

from Foundation import  NSURL
import Quartz as Quartz
import sys

def copyOutlines(source, dest):
    pdfURL = NSURL.fileURLWithPath_(source)
    inPDF = Quartz.PDFDocument.alloc().initWithURL_(pdfURL)
    if inPDF:
        outline = Quartz.PDFOutline.alloc().init()
        outline = inPDF.outlineRoot()
    pdfURL = NSURL.fileURLWithPath_(dest)
    outPDF = Quartz.PDFDocument.alloc().initWithURL_(pdfURL)
    outPDF.setOutlineRoot_(outline)
    outPDF.writeToFile_(dest)   

if __name__ == '__main__':
    copyOutlines(sys.argv[1], sys.argv[2])