Mientras revisaba mi configuración, quise probar la "barra de menú oscura" en las Preferencias Generales del Sistema. Ahora no puedo desactivarla. Cada vez que desmarco la casilla, parece que no tiene efecto, se queda en modo oscuro. He probado a arrancar en el arranque seguro también para ver si podía cambiarlo allí, en vano.
Esto parece ser también sólo para mi usuario, ya que el cambio al modo de invitado funciona correctamente. https://www.youtube.com/watch?v=h6Ga6bXEFEo
Screencast de la edición: https://www.youtube.com/watch?v=xNEHhoFzniI
Máquina: OS X El Capitan 10.11.16 MBP Retina 15, mediados de 2015
Edición: sustituido screencasts con jing a youtube para que los usuarios que no son de flash puedan ver los problemas