Copiar parcialmente una carpeta, conservando los archivos invisibles del sistema que contiene, pero sólo parte del contenido restante

Estoy buscando una manera de copiar una carpeta, con todos los archivos invisibles y de sistema que contiene en su "primer nivel", pero sólo algunas de las otras carpetas visibles, "normales" que contiene? Esto está relacionado con una transferencia de datos de "Time Machine", de un disco viejo a uno nuevo. Pero creo que es una pregunta interesante en sí misma.