Todo es correcto. Todo esto se debe a la división del volumen del sistema (Macintosh HD o como se llame) en un volumen de sólo lectura y otro de lectura y escritura.
Empieza por mirar el disco con la Utilidad de Discos. Pulse Comando-2 (o marque Menú -> Ver -> Mostrar todos los dispositivos). Debería ver algo así (los nombres serán diferentes):
Dentro del contenedor APFS puedes ver dos volúmenes. En mi caso BethSSD y BethSSD - Data. En lo que sigue reemplace estos con su propio nombre de volumen del sistema.
BethSSD es el volumen de sólo lectura (altamente protegido) creado por la instalación de MacOS y tiene el mismo contenido en todos los Mac con la misma versión de MacOS.
BethSSD - Data es un volumen de lectura-escritura y contiene todo lo que no forma parte del volumen de sólo lectura. Además de tus archivos, incluye todas las aplicaciones que tengas instaladas.
Así que tenemos dos volúmenes y ambos tendrán aplicaciones - así que Finder hace algunos trucos para mostrarlos como uno.
Tomando sus tres ubicaciones (pero en un orden diferente) y una cuarta:
2 Las aplicaciones en el volumen de sólo lectura son las aplicaciones de Apple MacOS y pueden verse en /System/Applications
.
4 (lo que no has visto): En Terminal do ls /System/Volumes/Data/Applications
. Aquí verás todas las aplicaciones que has instalado, pero ninguna de las incorporadas en macOS.
1 y 3. MacOS combina las dos ubicaciones anteriores en una sola utilizando "firmlinks". Esto es lo que usted está viendo como /System/Volumes/<name>/Applications
así como /Applications
.
Espero que eso ayude. Para ir mucho más lejos se requiere mucho esfuerzo mental.