La respuesta de George Garside es probablemente la mejor, ya que esto suena como una aplicación que querrías eliminar, y no simplemente 'quitar de spotlight' (como ocultándola).
He visto casos en los que un archivo se queda atascado en la búsqueda de Spotlight aunque se haya eliminado completamente del sistema. A veces esto tiene que ver con los permisos de una determinada carpeta y cómo funciona la indexación de spotlight.
Si este es el caso, y el archivo ya ha sido borrado, podría requerir una reindexación de la unidad en la que está almacenado el archivo.
Tomado de Apple.com:
En el menú Apple (), seleccione Preferencias del Sistema. Haz clic en Spotlight. Haz clic en la pestaña Privacidad. Arrastre una carpeta o un volumen entero (su disco duro) a la lista. disco duro) a la lista. Si se te pide confirmación, haz clic en Aceptar. Elimine el elemento o volumen que acaba de añadir a la lista haciendo clic en él y luego haciendo clic en el botón menos ("-"). Cierre las preferencias de Spotlight.
Spotlight volverá a indexar el contenido de la carpeta o volumen.
Sin embargo, dado que el índice probablemente se estropeó debido a un error de permisos en primer lugar, es una buena idea hacer algo más que simplemente reindexar, y en su lugar utilizar una de las muchas buenas aplicaciones de mantenimiento que existen para reparar los permisos / limpiar los archivos erróneos / y volver a indexar el foco todo en un solo barrido.
Personalmente, uso una excelente aplicación llamada "Mantenimiento" (también conocida como Mantenimiento de Mac, aunque he encontrado otra aplicación con ese nombre, que no funcionó tan bien en mis experiencias).
Aquí tienes un enlace para descargarlo si quieres probarlo.
http://www.macupdate.com/app/mac/16790/maintenance
Y por último (aunque como he mencionado antes no creo que esta sea su intención) puede "ocultar" archivos y ciertas extensiones de los resultados de los focos a nivel de carpeta por carpeta (Esta característica se utiliza a menudo para mantener los archivos de adultos lejos de los ojos de los niños, etc)
De apple.com:
elija el menú Apple > Preferencias del Sistema, y luego haga clic en Spotlight. Haga clic en Añadir (+), luego localice la carpeta También puede arrastrar una carpeta o disco del escritorio o del Finder a la lista. Para eliminar una carpeta o disco de la lista, resáltela y haga clic en Eliminar (-).
http://support.apple.com/kb/PH14049