No se pueden eliminar archivos .pkg en /Library/Updates/

1. Reinicia en modo de recuperación reiniciando tu Mac y manteniendo presionado Comando+R. Puede tardar más en arrancar de lo habitual, está bien, solo ten paciencia.
2. En el menú superior ve a Utilidades y abre Terminal.
3. Escribe csrutil disable y presiona Enter.
4. Escribe reboot y presiona Enter para reiniciar nuevamente.

Ahora elimina los archivos .pkgs de la actualización pero los archivos .plist contendrán información incorrecta, de haberla, sobre el estado de la descarga, etc. No estoy seguro de si deben eliminarse o no.

InstallAtLogout

    ProductPaths

        061-41421
        061-41421

También, deshabilita la descarga automática desde Preferencias del Sistema → Actualización de Software.

Ahora debes volver a habilitar la Verificación de Integridad del Sistema. Está ahí por algo.

1. Reinicia en modo de recuperación reiniciando tu Mac y manteniendo presionado Comando+R.
2. En el menú superior ve a Utilidades > Terminal.
3. Escribe csrutil enable y presiona Enter.
4. Escribe reboot y presiona Enter para reiniciar nuevamente.

¿Cómo deshabilitar completamente Siri en Sierra?

Eliminar el contenido de /Library/Updates generalmente no es posible porque OS X El Capitan y versiones posteriores incluyen una tecnología de seguridad llamada SIP (Protección de Integridad del Sistema) que ayuda a proteger tu Mac de software malicioso.

Mientras lo haces, es posible que hayas visto las ventanas emergentes que dicen "0##-##### no se puede modificar o eliminar porque es necesario para macOS" o desde la terminal que dice "Operación no permitida"

Aún si deseas eliminar esos directorios o archivos guardados como resultado de actualizaciones fallidas o incompletas (que ocupan un almacenamiento significativo e innecesario) puedes hacerlo desactivando temporalmente la SIP de tu Mac. Esta es una solución avanzada y recomendada solo para usuarios avanzados. Puede abrir tu sistema a vulnerabilidades y debe hacerse con cuidado.

Los siguientes son los pasos:

1. Reinicia tu Mac en modo de recuperación (presiona y mantén presionado Command (⌘)-R al inicio).

2. Abre la Utilidad de Terminal.

3. Escribe el comando csrutil disable (Esto proporciona acceso completo, sin restricciones, al completo sistema operativo de tu Mac y a cada archivo y carpeta, así que, ten cuidado!)

4. Después de reiniciar, abre la Terminal y elimina las carpetas deseadas ejecutando el comando:

   sudo rm -R /Library/Updates/0##-#####

Ahora los archivos o carpetas que estaban restringidos pueden ser eliminados.

Nota: (0##-##### es el nombre de la carpeta)

Para eliminar un archivo específico dentro de la carpeta 0##-##### simplemente puedes usar rm con la ruta de ese archivo.

5. Cuando hayas terminado con todas las eliminaciones deseadas, sigue los pasos 1 y 2 para activar nuevamente la SIP usando el comando:

   csrutil enable

6. Reinicia tu Mac y la SIP debería estar nuevamente activada.

Nota: Para verificar el estado de la SIP, usa el comando csrutil status

7. Descarga e instala las actualizaciones frescas si están disponibles.

Espero que esto sea útil :)

Referencia: https://appletoolbox.com/seeing-error-operation-not-permitted-in-macos-mojave/