En cuanto a su primera pregunta: No, no importa desde qué sistema operativo estés formateando la unidad a un sistema de archivos específico. Los sistemas de archivos están estandarizados y cualquier sistema operativo fiable debería hacer bien el trabajo. El sistema operativo sólo tiene que soportar el sistema de archivos.
Dicho esto, la segunda pregunta: Windows requiere NTFS, que no es totalmente compatible con OSX (de hecho, sólo se puede leer desde NTFS, pero no se puede escribir ningún dato en él). Así que no podrás formatear el disco en OSX para Windows sin ningún software de terceros, añadiendo el soporte adecuado para NTFS (yo estoy acostumbrado a tener ese software, ya que he tenido que lidiar con ambos SO. No recuerdo el nombre, pero no era gratuito).
No te preocupes por la falta de NTFS en OSX. Durante el proceso de instalación de Windows, podrás reformatear el SSD a NTFS.