Hay algunas aplicaciones que pueden "alternar" en el sentido de que se ejecutan tanto como una aplicación con ventana/tradicional donde aparece en la pantalla del conmutador de aplicaciones y como una aplicación en segundo plano o en la barra de menú.
Como ejemplos de esto, mira Dash, Take Five y Skitch. Cada una tiene una preferencia para ejecutarse en primer plano o en segundo plano y cuando haces un cambio en esa preferencia, debes cerrar y volver a abrir la aplicación para que el sistema sepa cómo manejar el dock, las ventanas y la barra de menú, así como el conmutador de aplicaciones.
No veo señales de que iTerm 2 tenga esta funcionalidad, así que como mucho necesitarás modificar la aplicación o recompilarla si está lista para usar y simplemente le falta el interruptor de preferencia en la aplicación. Mi sospecha es que la aplicación necesitará más programación añadida para manejar ambos casos y tendrás que conformarte con esa aplicación en el conmutador de aplicaciones o elegir otra herramienta de emulación de terminal.
Básicamente, el sistema operativo puede acomodar una aplicación diseñada para excluirse del dock y del conmutador de aplicaciones, pero no es tan sencillo como establecer una preferencia en cualquier aplicación que desees cambiar.
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En general, el programa necesita presentarse al sistema operativo como una aplicación de menú / sin icono en el dock. ¿Has revisado la configuración de iTerm o contactado al desarrollador?
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He comprobado las preferencias de iTerm, pero no pude obtener el comportamiento deseado. Aún no he contactado a los desarrolladores.