El problema parece ser que estás usando git encima de iCloud Drive. Es decir, el problema no es con Time Machine y las copias de seguridad en absoluto - es en cambio que usted ha elegido para almacenar su ~/Documents/
en iCloud Drive, que no es compatible con programas como git
.
El problema es que iCloud Drive trata cada archivo como un archivo individual e independiente, mientras que git asume una relación específica entre los archivos. Git utiliza archivos ocultos que contienen información sobre otros archivos de la carpeta -espera que estén "sincronizados"- y espera que sea el único programa que manipule los archivos; esta suposición no se cumple necesariamente aquí.
Imagina, por ejemplo, que ejecutas una operación de git que toca varios archivos de tu carpeta: puede mover cosas, borrar y recrear, cambiar los tiempos de acceso, etc. iCloud Drive es activado por estos cambios e inicia una sincronización - sin embargo, hay un retraso entre algo de git y la sincronización que se activa. Entonces, más tarde, iCloud Drive puede haber enviado algo al servidor y haber recibido datos de vuelta, y va a almacenarlo y ve que el archivo (o sus metadatos) ha cambiado por debajo. Ahora iCloud Drive tiene un conflicto que podría ser resuelto sobrescribiendo su archivo local, tirando a la basura el archivo recién recibido del servidor - o como es el caso aquí - preservando los nuevos datos guardándolos con un sufijo "2", "3", "4", etc.
Este problema es común con casi cualquier sistema de sincronización de archivos, por lo que experimentaría problemas similares con Dropbox, Google Drive, etc.
La solución a esto es no un iCloud Drive respaldado Documents
o mueva su repositorio git fuera de la carpeta Documents
carpeta.