se ha cambiado la ruta del usuario y se han perdido los alias en .bash_profile

Creo que no están relacionados. Lo que estás viendo es el prompt de bash por defecto, que está definido en /etc/bashrc:

$ grep PS1=  /etc/bashrc
PS1='\h:\W \u\$ '

De la página man de bash:

 \h     the hostname up to the first `.'
 \u     the username of the current user
 \W     the basename of the current working directory, with $HOME abbreviated with a tilde

Lo que ha ocurrido es que tu nombre de host no se está configurando correctamente. Está relacionado con la configuración de tu red. Se discutió en superusuario: https://superuser.com/questions/318509/hostname-issue-in-mac-os-x-lion

Y sobre el archivo /etc/paths.d/git, lo que hiciste es correcto. Si tienes git instalado en /usr/local/git/bin, entonces la instalación suele crear ese archivo por ti. Pero el contenido es trivial, así que puedes crearlo tú mismo. Debe tener una sola línea, conteniendo la ruta al directorio bin que quieres que se añada al PATH para todos los usuarios:

$ ls -l /etc/paths.d/git
-rw-r--r--  1 root  wheel  19 Sep 17  2009 /etc/paths.d/git
$ od -ta /etc/paths.d/git
0000000    /   u   s   r   /   l   o   c   a   l   /   g   i   t   /   b
0000020    i   n  nl
0000023
$ wc -l /etc/paths.d/git
   1 /etc/paths.d/git
$ cat /etc/paths.d/git
/usr/local/git/bin