También estoy ejecutando Textmate 2.0 alpha.9547, así que estoy muy interesado en saber cuál de las actualizaciones del paquete causó el problema.
Pero para tu problema, una forma sencilla sería restaurar el paquete ofensivo desde tus copias de seguridad.
En mi sistema encuentro los paquetes en:
/Users/[username]/Library/Application Support/TextMate/Managed/Bundles
El método más difícil sería localizar el sitio de descarga del paquete y coger una copia antigua. El repositorio de textmate bundle está en: https://github.com/textmate/
Para encontrar un paquete concreto, basta con añadir a esta ruta el nombre del paquete, incluida la extensión del archivo. Por ejemplo, la fuente del paquete TODO está en https://github.com/textmate/TODO.tmbundle
A partir de ahí, tendrías que clonar el repositorio git y luego utilizar los comandos git para obtener la versión más antigua de la fuente.
Veo que parece haber un cambio global para añadir un "ruby1.8 shim" hace 6 días y los bundles han sido modificados como has señalado. Hice algunas comprobaciones rápidas y parece que estoy corriendo con las mismas modificaciones y por lo que puedo decir hasta ahora, los paquetes están trabajando bien.
(habría hecho esto como un comentario a la pregunta, pero todavía no tengo suficiente reputación. ;)