Acabo de comprar un Macbook Pro y soy nuevo en OSX. No puedo desinstalar aplicaciones como Node, Atom, etc. No se muestran en mi carpeta de Aplicaciones ni en el Launcher. ¿Cómo puedo eliminarlos?
A continuación se muestra una captura de pantalla de mi carpeta de Aplicaciones. Sin embargo, si busco Atom usando Spotlight, puedo acceder a él desde allí. 
¿Has intentado vaciar la papelera? Spotlight puede encontrar y abrir (si no me equivoco) aplicaciones que permanecen en la papelera.
Si después de vaciar tu papelera y todavía ves Atom o Node, intenta, en Terminal:
sudo find / -iname 'thing'en el que debes sustituir thing con tu consulta de búsqueda.
EDICIÓN: ¿En Spotlight, cuando mantienes presionada la tecla Command, muestra una ruta en la parte inferior de la ventana de spotlight?
EDICIÓN 2: Como menciona @Lizzan en su comentario, verifica tus carpetas de Descargas, Documentos y cualquier otra carpeta relacionada con el usuario.
Dice Santoshs-MacBook-Pro:~ santosh$ find / -iname 'atom' find: /.DocumentRevisions-V100: Permiso denegado find: /.fseventsd: Permiso denegado find: /.Spotlight-V100: Permiso denegado find: /.Trashes: Permiso denegado y mi papelera está vacía había instalado esas aplicaciones pero nunca las desinstalé
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¿Cómo has instalado estas aplicaciones? Si simplemente las descargaste, es posible que aún estén en tu carpeta de Descargas.