Esto es muy parecido a preguntar si hay diferencia entre un Nissan Leaf y un Maxima. Ambos son coches, tienen capacidad para 4 personas y se mueven. Sin embargo, la tecnología que los impulsa es radicalmente diferente. Wikipeadia tiene la redirección de 3D Touch a la página de Force Touch, lo cual es engañoso (e incorrecto). Este artículo lo explica un poco mejor, aunque se pisa la cola. Básicamente, Force Touch reacciona en función de la fuerza real (dura, media, suave), mientras que 3D Touch reacciona en función de la amable de tacto (o toque): rápido, prolongado, etc.
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En una segunda lectura, usted pregunta más por la capacidad que por la aplicación. El toque 3D es sin duda más sensible que el Force Touch, pero como el 6S acaba de salir al mercado, tendremos que esperar a ver qué decide hacer Apple con esta capacidad mejorada.