Puede comprobar un archivo emitiendo el siguiente comando en el Terminal:
codesign -dv /Applications/Whatever.app
Existe una herramienta gratuita que implementa las funciones del comando codesign y lo amplía con una bonita interfaz gráfica de usuario. Se llama RB App Checker (en la App Store), así como un sitio que describe el programa http://brockerhoff.net/RB/AppCheckerLite/
No he necesitado nada más que estas dos herramientas para comprobar la firma de código en OS X, así que espero que se ajusten a tus necesidades. Comprueba el AppChecker si tu Mac no tiene codesign (algunos de los más antiguos necesitaban Xcode para obtener esa herramienta antes de que Gatekeeper saliera al mercado).
En cuanto a cómo lo sabrías, el sistema operativo mostrará las aplicaciones no confiables como tenues y con un icono genérico hasta que el proceso de gatekeeper apruebe la ejecución de un paquete - pero ese código podría seguir siendo firmado, por lo que no puedes confiar en una pista visual para saber necesariamente si un código ha sido o no firmado - especialmente teniendo en cuenta que el gatekeeper podría estar desactivado en un determinado Mac.