Hoy he tenido el mismo problema y esto es lo que he hecho después de no encontrar ninguna información útil sobre el tema. Seguí las instrucciones aquí sobre la habilitación del usuario Root:
https://support.apple.com/en-us/HT204012
Luego cerré la sesión y volví a entrar como Root seleccionando "Otros" en la pantalla de inicio de sesión y escribiendo "Root" como usuario y mi nueva contraseña.
Intenté usar la terminal para borrar los archivos, pero eso falló y simplemente se negó a hacerlo. Entonces intenté borrarlos en el Finder, ¡y funcionó! Es un fastidio. Volví a la terminal y los archivos parecían ser visibles, así que usé rm -r por si acaso y desaparecieron. No sé si esa parte era crítica o algún problema del sistema de archivos.
Tenga en cuenta que primero tuve que usar Finder para navegar a mi casa de usuario habitual activando la barra de ruta en el menú Ver, luego haciendo clic en mi unidad, luego en el directorio Usuarios y luego en mi directorio de usuario habitual. Luego, mostrando ese directorio en Finder, utilicé la opción Ir a la carpeta en el menú Ir y escribí ".Papelera" que, a diferencia del Terminal, ¡me mostró todos los archivos en la papelera! No esperaba que Finder tuviera habilidades de las que carecía el terminal.
A continuación, seleccioné los archivos problemáticos y utilicé Comando-Suprimir para eliminarlos. De hecho, decidí borrar totalmente la papelera, ya que estaba haciendo una copia de seguridad de arranque y no quería copiar toda esta basura allí.
Ahora estoy haciendo mi clon y parece que está bien. La razón por la que me metí en esta madriguera fue porque intenté instalar una aplicación de música y falló y la borré, y los archivos "malos" acabaron en la papelera.
Sólo soy un desarrollador y no un experto en sistemas operativos y no entiendo por qué ocurre esto. He estado haciendo búsquedas para encontrar una explicación detallada, pero no he tenido suerte hasta ahora. El problema nunca se presentó antes de actualizar a Big Sur y he tenido una serie de problemas en los que algunos archivos de tipo controlador de bajo nivel, que no vienen a través de los instaladores de la App Store, si eso importa, se están metiendo en el sistema de archivos y no siempre se comportan correctamente.
Por ejemplo, tanto Carbon Copy Cloner como Little Snitch han tenido problemas en los que la solución era arrancar en modo de usuario único y localizar un archivo o directorio bloqueado y eliminarlo, y luego reinstalar o actualizar la aplicación para que funcione. Tengo algunas otras aplicaciones que hacen algo similar y no estoy seguro de cuál es la causa. Creo que la aplicación de música que probé tenía el mismo problema. Parece que hay algún tipo de situación en la que algunos componentes del programa se instalan como "bloqueados" pero esto causa problemas en la ejecución normal de las apps. (Ver los escasos documentos sobre las banderas de los archivos uchg, que es todo muy oscuro para mí).
Lo peor es que no todo el mundo tiene este problema. La gente de soporte de algunas empresas de aplicaciones me ha dicho que solo un puñado de usuarios lo ve. No sé por qué, y sospecho que está relacionado con que mi modelo de 2015 se actualiza una y otra vez a medida que se instalan nuevas versiones del sistema operativo. Además, tengo un montón de herramientas para desarrolladores instaladas y a veces instalan cosas raras bajo el capó.
No sé muy bien por qué, pero esto consiguió ponerme en marcha. Lea los documentos sobre el usuario Root en su totalidad antes de intentar esto, que advierten en contra de hacer esto.