Si los marcadores no se guardan puede ser un problema de permisos.
Safari almacena sus favoritos en ~/Library/Safari/Bookmarks.plist
Si este archivo no se puede actualizar (es decir, si los permisos son incorrectos), los marcadores no se guardarán.
Comprueba la fecha de este archivo. Debería actualizarse cada vez que se añade un marcador. Si no es así, es probable que esta sea la causa del problema.
Para solucionarlo, hay que arreglar los permisos. Prueba a reparar los permisos en la Utilidad de Discos. Si eso no funciona, prueba lo siguiente:
1) Eliminar ese archivo mientras se ejecuta Safari - luego entra en Safari y añade un nuevo marcador. Esto creará un nuevo archivo de marcadores con todos sus marcadores.
Si borras el archivo mientras safari no está funcionando pierdes todos tus marcadores - así que haz una copia de seguridad del archivo. Lo más seguro es cambiarle el nombre.