Forma correcta de 'dd' un disco APFS completo

En realidad, ninguna de las dos cosas es correcta.

El problema no tiene nada que ver con APFS. Como describe la respuesta enlazada, tiene que ver con la ubicación de las tablas de partición.

Si tus unidades de origen y destino tienen los mismos tamaños de sector, puedes simplemente copiar usando dd ordinario sin ningún parámetro especial.

Si no tienen el mismo tamaño de sector (como en el ejemplo vinculado con un viejo disco duro tradicional y una unidad más nueva basada en flash), la tabla de particionamiento necesita moverse.

Esencialmente, el ordenador intentará leer la tabla de partición GPT en la ubicación del segundo sector. Para algunas unidades eso será en el byte 512 de la unidad, para otras será en el byte 4096 de la unidad.

El comando dd que sugieres con dos tamaños de bloque diferentes no llegará. Significa que dd leerá los datos en bloques de 4096 bytes, y los escribirá en bloques de 512 bytes - realizando así 4 escrituras por cada lectura. Sin embargo, eso sigue colocando todos los datos como los mismos índices de bytes en la unidad de destino que tenían en la unidad de origen.

Para tu propósito necesitas mover los datos que antes estaban en el índice 4096 para que estén en el índice 512.

En cuanto a sus otras preguntas:

Sí, las particiones cifradas se pueden clonar con dd.

Para este tipo de trabajo es conveniente utilizar rdisk en lugar de disk. La r significa "raw", lo que significa que estás evitando el caché del disco. Terminarás con el mismo resultado, pero será más rápido de esta manera.