Eliminar las ACL de los archivos... ¿puedo hacer daño?

Depende de la finalidad del archivo del que los elimine. Elimínalos de los archivos del sistema, y puedes encontrarte con un mundo de dolor si lo haces mal o los eliminas del archivo equivocado. Sus propios archivos, menos de un problema.

Las ACL son una forma de ampliar el sistema de permisos normal que se utiliza para controlar el acceso a un archivo/carpeta. Normalmente, el sistema de permisos funciona permitiendo explícitamente permisos de lectura, escritura o ejecución contra el propietario, los miembros del mismo grupo y otras personas. Una ACL le permite ampliar esto proporcionando excepciones y adiciones a estas operaciones normales, por lo que un archivo podría ser escribible por el propietario, legible por los miembros del mismo grupo (digamos Usuarios), pero no accesible a nadie más. Sin embargo, podrías dejar caer una ACL que permitiera al usuario Bob el acceso de escritura, aunque los permisos estándar sólo le permitieran el acceso de lectura a través de su membresía de Usuario crecido.