Es posible que el Restablecer los permisos del directorio de inicio y las ACL en la opción resetpassword corregirá esos permisos por ti, aunque no estoy seguro de cuánta "profundidad" dentro de tu directorio root restablecerá.
Esta entrada del blog da los pasos para Lion, que parecen ser lo mismo en Yosemite ( Nota El último enlace detalla las instrucciones para restablecer una contraseña, lo que obviamente es no lo que estás haciendo aquí, por eso he enlazado con las instrucciones de Lion. Sin embargo, la misma herramienta se utiliza en cada proceso):
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Reinicie, y antes de que oiga el timbre, mantenga pulsadas las teclas Comando y R.
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Estarás en la pantalla de Utilidades de Reparación. Haga clic en el elemento Utilidades de la barra de menús y, a continuación, en Terminal.
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En la ventana del Terminal, escriba resetpassword y pulsa "Return".
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La ventana de la utilidad de restablecimiento de la contraseña se inicia, pero no va a restablecer la contraseña. En su lugar, haga clic en el icono del disco duro de su Mac en la parte superior. En el menú desplegable que aparece debajo, seleccione la cuenta de usuario con la que tiene problemas.
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En la parte inferior de la ventana, verás un área denominada Restablecer permisos del directorio principal y ACL. Haz clic en el botón de reinicio.
El proceso de restablecimiento sólo dura un par de minutos. Cuando haya terminado, salga de los programas que hayas abierto y reinicia tu Mac.
