¿Qué es este archivo .file en mi carpeta root?

No hay absolutamente ninguna razón para eliminar el archivo. Ten en cuenta que el archivo no ocupa espacio en tu disco.

El archivo no es un archivo normal creado por algún programa que hayas instalado. Es parte del sistema operativo y viene con la instalación de macOS. No está diseñado para ser eliminado.

El archivo está ahí para soportar la característica del sistema operativo conocida como "URL de referencia de archivo":

Normalmente, conoces los archivos por su nombre y ubicación en una carpeta, por ejemplo ~/Documentos/Carta.docx.

Sin embargo, también es posible hacer referencia al mismo archivo exacto a través de este archivo especial del que te preocupa. El mismo archivo podría ser referenciado por algo similar a /.file/id=123.45. Esto es de muchas formas similar a usar el archivo especial /.vol que es parte de volfs (accediendo a archivos por número de volumen e inodo), y similar a hacer referencia a archivos solo por su número de inodo (válido solo en el mismo sistema de archivos).

La ventaja de esto es que una aplicación en ejecución puede recibir un archivo específico como una ruta/nombre de archivo normal, y luego hacer referencia a él mediante un URL de referencia de archivo como por ejemplo file:///.file/id=123.45. Esto significa que incluso si el usuario decide cambiar el nombre o mover el archivo en el sistema de archivos, la aplicación aún puede abrirlo y acceder a él sin saber acerca de esos cambios. Esto es algo que suele ocurrir cuando el usuario arrastra y suelta archivos en aplicaciones.

Ten en cuenta que el URL de referencia de archivo es una referencia no persistente, lo que significa que si desmontas esa parte del sistema de archivos, o si reinicias la computadora, el URL se vuelve inválido.