IOS es un sistema operativo muy bien diseñado. Parte de lo que lo hace tan bueno es el protocolo de solución de problemas, que es básicamente: (1) apagar y encender el dispositivo o (2) restaurar desde una copia de seguridad. Tengo un iPad y un iPhone 4S que tienen configuraciones distintas, pero que están vinculados al mismo ID de usuario de iTunes. Esto significa que, aunque efectivamente tengo todas las mismas aplicaciones disponibles, no tengo que tenerlas instaladas en ambos dispositivos. Por ejemplo, mi mujer y mi hijo se fueron de viaje la semana pasada. Quité todas las aplicaciones que tenían datos importantes que se sincronizan entre todo (tiene 14 meses y tiene una extraña habilidad para manipular el iPad de la forma más desafortunada), añadí algunos vídeos nuevos y juegos apropiados para niños, etc. Básicamente lo configuré para que fuera un dispositivo de entretenimiento específico para él, para ese viaje. Cuando vuelvan, simplemente lo conectaré a mi Mac y lo restauraré al estado en el que estaba en el momento antes de que se fueran. Precioso, sencillo y sin complicaciones.
La cuestión es que a través de iTunes, tienes un control bastante granular sobre lo que se sincroniza entre tu ordenador y el dispositivo. En cuanto a las copias de seguridad, ver este artículo para obtener información detallada sobre lo que se hace y lo que no se hace una copia de seguridad en tu ordenador. Por supuesto, también puedes hacer una copia de seguridad de la información en iCloud. Esto es similar, pero no idéntico, a la copia de seguridad en su ordenador. Este artículo enumera lo que se envía a iCloud. ¿Tienes problemas para decidir qué servicio(s) utilizar? Apple incluso proporciona algunos pros y contras a considerar en este artículo . Por lo que sé y puedo decir, detener la sincronización de la aplicación no borrar las aplicaciones, simplemente deja de respaldarlas más allá del estado actual de la copia de seguridad. Sin embargo, al eliminar una aplicación directamente de tu iPhone, "...también se eliminarán todos sus datos" (según el mensaje de advertencia de iOS). Esta parte es bastante transparente y se explica por sí misma.
Si no quieres que una aplicación se vuelva a añadir a tu iPhone, sólo tienes que utilizar el panel "Apps" de iTunes y desmarcar las casillas de verificación junto a las aplicaciones que has eliminado del dispositivo. También puedes desmarcar la casilla "Sincronizar automáticamente las nuevas aplicaciones". Esto evitará que aparezcan de nuevo. Repite lo mismo para los demás paneles (por ejemplo, Música, Fotos). Si el tiempo es un factor a la hora de sincronizar los podcasts (esto es lo que yo también sincronizo principalmente), yo intentaría hacerlo en un momento del día en el que no sea un problema, como cuando estás desayunando o realizando alguna otra rutina. Deja que se sincronice cuando no vayas a estar jugando con él de todos modos, e inmediatamente no será un problema.
Espero que esto le ayude con su pregunta.