Comprueba el espacio "purgable" de tu disco APFS con Disk Utilities. Parece que Finder cuenta este espacio en el espacio libre, pero no App Store.
Pero puedes engañar a MacOS para que limpie APFS creando un enorme archivo basura y luego borrándolo.
Puedes crear un archivo enorme que obligará a MacOS a limpiar los archivos purgables para liberar espacio. Para ello, escribe este comando en un terminal:
dd if=/dev/zero of=~/hugefile bs=15m
Se creará un archivo llamado hugefile en su carpeta de inicio, que puede comprobar el tamaño con Obtener información y parar cuando sea lo suficientemente grande para ti, usando ControlC . O simplemente puedes dejar que se ejecute hasta que te quedes sin espacio en el disco y las cosas empiecen a dejar de funcionar.
Este comando tarda mucho en asignar la memoria, también puedes detenerlo cuando tenga 5~10GB.
En la práctica, lo que he hecho antes es dejar que dd se ejecute durante unos 30 segundos, luego matarlo con ctrl+c, y borrar el archivo:
rm ~/hugefile
Espero que esto ayude también en tu caso. Entonces App Store felizmente instalado la actualización si está tratando de udpate.