En este momento, parece que hay dos respuestas a tu pregunta. Una respuesta es exactamente el método que has mencionado anteriormente (o el equivalente de eliminar la base de datos en /var/folders/). La otra opción es... que no se puede.
Con High Sierra, la mayoría -si no todos- de los Macs basados en almacenamiento flash han tenido su sistema de archivos actualizado a APFS desde HFS+. Ahora, no he leído exhaustivamente la documentación de Apple sobre APFS, pero hay un punto en el FAQ que me llama la atención y dice lo siguiente:
Llamar a readdir(2) en un directorio en APFS devuelve los nombres de archivo en orden hash, mientras que HFS+ devuelve los nombres de archivo en orden lexicográfico. [Fuente: Documentación del Desarrollador de Apple]
El truco de defaults técnicamente todavía funciona. En discos HFS+ en High Sierra sigue funcionando como se esperaba (probado por mí). En una unidad formateada en APFS puedes ver que hace algo en el sentido de que restablece el orden pero no alfabéticamente. El orden, entonces, es probablemente organizado por el hash de los nombres de las aplicaciones y no por los nombres en sí mismos.
¿La solución para APFS? Lo único que se me ocurre en este momento es usar una herramienta de base de datos para ordenar manualmente las entradas en orden alfabético. Pero al final, mejor simplemente arrastrar y soltar...
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Estoy teniendo el mismo problema. Es extraño, porque los coloca en un orden aparentemente aleatorio, pero siempre los coloca en el mismo orden. No puedo entender por nada del mundo cómo determina cuál es ese orden. No es ni por tipo ni por tamaño ni por fecha de añadido. Muy extraño.
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Vamos a votar positivamente en este publicación de Soporte de Apple: discussions.apple.com/thread/8090318?language=en