Cualquiera servirá perfectamente para el desarrollo de aplicaciones, y si no planeas hacer edición de fotos o videos pesados, no hay necesidad de la potencia de procesamiento adicional del MacBook Pro.
Tal vez quieras considerar que el MacBook Air no tiene una pantalla Retina como el MacBook Pro, por lo que la pantalla del Pro tiene una resolución más alta, y tendrás la opción de escalar la resolución de la pantalla para hacer que todo sea más pequeño para conseguir más espacio en pantalla (pero en una pantalla de 13" eso podría hacer que las cosas sean difíciles de leer).
El MacBook Air obviamente también es más ligero que el MacBook Pro, por lo que ejerce menos (aunque sea un poco) presión en tu espalda y hombros si planeas llevarlo contigo con frecuencia.
Si ni la opcional expansión de la pantalla ni la potencia de procesamiento son importantes para ti, y también importa el precio, elige el MacBook Air. Si el precio no importa y no te importa el peso extra, elige el MacBook Pro.