Apple añade una entrada de control de acceso a algunas aplicaciones, que deniega el acceso de borrado al grupo "todos":
$ ls -lde /Applications/App\ Store.app
drwxr-xr-x+ 3 root wheel 102 Feb 16 22:21 /Applications/App Store.app
0: group:everyone deny delete
Sin embargo, si el usuario que estás tratando de evitar que borre esto es un administrador, puede eliminar las ACLs, y entonces borrar cosas libremente. Los administradores también pueden eliminar o desactivar los demonios de lanzamiento. Básicamente, si alguien tiene derechos de administrador en el ordenador, puede evitar tus intentos de bloquear las cosas. Ver esta pregunta anterior donde CommaToast hace un valiente esfuerzo por averiguar cómo bloquear algo contra un oponente con derechos de administrador... pero todavía puedo pensar en formas de evitar sus medidas.
Por otro lado, si no son administradores, entonces es trivial: no pueden borrar cosas de /Applications de todos modos.