Descarga de canciones desde un disco duro externo

Estoy usando un disco duro externo para descargar canciones en itunes. Cuando termino de sincronizar, me aparece un mensaje diciendo que mi ipod no puede ser expulsado porque algunos de los archivos están siendo utilizados por otra fuente. De alguna manera creo que algunos de los archivos del disco duro externo se descargaron en el disco duro interno. No soy super informático pero realmente no recuerdo haber hecho nada más que mover el archivo del disco duro externo a iTunes. ¿Por qué ocurre esto y qué hago para solucionarlo?