¿Has activado la opción "Buscar mi iPad" en tu dispositivo perdido? Si es así, puedes ir a iCloud.com y borrar remotamente todos los datos del iPad sin perder tus notas en iCloud. Si no es así, ¿has utilizado un código de acceso? Todos los datos del iPad están encriptados y es muy poco probable que alguien malvado encuentre tu dispositivo (bloqueado) e intente hackear tus notas.
Otra solución sería utilizar la aplicación de Notas en un ordenador OS X. Configura tu dispositivo iCloud y otra cuenta de correo electrónico que admita notas (la mayoría de las cuentas IMAP lo hacen). A continuación, abre la aplicación Notas y mueve todas tus notas a la nueva cuenta. Esto se sincronizará finalmente con tu dispositivo perdido, pero tendrías que acceder a tus notas en la nueva cuenta.
No creo que haya una respuesta perfecta a su problema, todo lo que queda por hacer es un poco de control de daños.