Mover archivos de una sola carpeta a varias carpetas, basándose en el nombre del archivo

Asumiendo que estos archivos están todos en la misma carpeta y que las carpetas numeradas son parte de esa carpeta también, abra el Terminal y ejecute

cd path/to/folder
for i in *.pdf; do
    mv "$i" "${i:2:2}/"
done

Un script como el de @patrix es probablemente la forma más eficiente, pero si no te sientes cómodo con la ejecución de , podrías hacerlo con Automator, con un flujo de trabajo que fuera algo así:

y así sucesivamente para -03, -04, etc. (Probablemente haya una forma aún más eficiente de hacerlo con Automator utilizando bucles y variables, pero nunca he probado a utilizarlos...)