Ya que quieres usar la línea de comandos te recomendaría ffmpeg .

En general, es la herramienta más capaz que encontrarás para convertir/codificar cualquier cosa que puedas imaginar. Es increíblemente rápido y utiliza la herramienta de codificación de audio en línea de comandos LAME (mi favorita), que lo complementa casi a la perfección. Para ser honesto, tiene tantos usos que nunca sería capaz de explicarlos todos; es definitivamente un ganador en mi libro, así que compruébalo.

En cuanto a los parámetros, todo depende de ti, de tu configuración y de cuáles sean tus expectativas. Sin saber qué codificador planeas usar, o tienes instalado, hay demasiadas variables involucradas como para decirte específicamente qué argumentos deben usarse. Si necesitas ayuda con esa parte una vez que lo compiles/instales, entonces estoy seguro que alguien aquí puede ayudarte.

ffmpegX

Nunca lo había usado, pero investigué un poco y encontré ffmpegX. Espero que te sirva de ayuda.