¿Por qué son visibles mis archivos de caché y otros archivos / carpetas "ocultos"? &i&i;D&i;Cómo me deshago de ellos?

Oculté mach_kernel y privado, pero el caché.db, caché.db-shm, caché.db-wal tanto del sistema como de la carpeta de usuario también son visibles. Ayer, tuve que restaurar desde una copia de seguridad de Time Machine porque algo de repente se había comido todo el espacio en mi unidad de inicio. Sin embargo, estos archivos eran visibles antes de la restauración. Entonces, ¿por qué están allí y cómo los desecho de manera segura o los oculto para evitar su regreso a la visibilidad? Gracias.