Me temo que podría estar en una lucha después de haber hecho esta actualización en un mediados de 2009 15 "MacBook Pro y no estoy solo en tener el problema. Terminé teniendo que reemplazar el cable de la unidad y cambiar a usar una unidad SATA2 en lugar de SATA3 para conseguir una unidad de reemplazo (SSD o magnético) para trabajar. El problema está documentado en el sitio web de OWC.
Si no recuerdo mal, conseguí que una unidad magnética de sustitución más grande funcionara rebajando el firmware, pero conseguir que un SSD funcionara requería actualizar el firmware, sustituir el cable y conseguir una unidad SATA2. Si ya tienes la unidad, empieza por el cable y quizás eso sea suficiente.
He clonado muchos discos a discos externos y luego he cambiado el disco externo por el interno sin problemas, así que creo que es mucho más probable que tengas un problema de compatibilidad de hardware que de software.
Por cierto, incluso con una unidad SATA2, el sistema actualizado vuela.