las notas de icloud no se cargan completamente en ios 8.1, OSX Yosemite y icloud.com

OS X Yosemite y iOS 8 han cambiado el funcionamiento de la sincronización de iCloud. Con la introducción de iCloud Drive, la estructura de archivos se ha abierto de par en par, pero los dispositivos con iOS 7 o inferior y OS X Mavericks o inferior no se sincronizarán correctamente una vez que se haya "actualizado" a iCloud Drive. ¿Has hecho esto? Si es así, el iPad no se sincronizará.

Para solucionarlo: Primero probaría lo que sugirió tubedogg más arriba, y luego recomendaría enviarse las notas críticas por correo electrónico y ponerlas en la aplicación Notas en iOS 8 o iCloud.com . A ver si se sincroniza y entonces diría que es seguro actualizar a Yosemite.
Si sigue sin funcionar, siempre puedes probar a utilizar un servicio de notas alternativo como Evernote o cualquier otro que cuente con sincronización.

Esto lo aprendí por experiencia propia al actualizar a Yosemite iOS 8 y a iCloud Drive. Espero que te haya servido de ayuda ;)