Para mover los datos de la "primera unidad" a la "segunda unidad" deberías, antes de hacer nada, hacer una copia de seguridad de todo como precaución de seguridad antes de hacer lo que se indica a continuación. También es una buena idea ejecutar la actualización de software en la "primera unidad" para asegurarse de que se han realizado todas las correcciones de errores en el software de su sistema actual. Tener las últimas versiones de todo el software instalado en la "primera unidad" puede limitar las incompatibilidades cuando se transfieren las cosas a la "segunda unidad".
Si la segunda unidad está correctamente formateada para Yosemite, simplemente ejecutando el instalador de Yosemite y diciéndole que instale el sistema en la segunda unidad no debería borrar ninguno de los archivos que tienes actualmente en ese sistema, y también debería crear la partición de recuperación adecuada e instalar el software de recuperación apropiado en ella.
Una vez que tengas Yosemite en la segunda unidad, establécela como disco de inicio en "Preferencias del Sistema" -> "Disco de Inicio", arranca desde ella y crea una cuenta de administrador inicial (con un nombre diferente al de cualquiera de las cuentas de la primera unidad para que no haya conflicto al migrar los datos desde la primera unidad). No es necesario dar a esta cuenta de administrador inicial ninguna información de AppleID. Una vez iniciada la sesión, probablemente merezca la pena actualizar el software del sistema a la última versión, para detectar cualquier corrección de errores que no haya llegado a la versión del instalador que utilizó para el sistema en su conjunto.
Una vez que la segunda unidad se actualice con el software más reciente, sólo tiene que ejecutar /Applications/Utilities/Migration Assistant.app y decirle que migre todos los datos de la primera unidad a la segunda. Tenga en cuenta que el Asistente de Migración.app cerrará la sesión del usuario actual y cerrará todos los programas en ejecución mientras se ejecuta, lo que desmontará cualquier disco conectado externamente. Si los datos que desea migrar se encuentran en un disco conectado externamente (como otro Mac en el modo de disco de destino) debe conectarse al ordenador DESPUÉS de que el Asistente de Migración.app haya cerrado todos los programas en ejecución y haya cerrado la sesión del usuario actual - esperar hasta que el Asistente de Migración.app esté buscando los discos duros apropiados para obtener los datos es un buen momento para conectar el disco externo.
Migration Assistant.app podría obtener los datos de la copia de seguridad de Time Machine del sistema antiguo, pero la transferencia desde una unidad interna será más rápida que desde la unidad externa de copia de seguridad de Time Machine, especialmente si la conexión externa es a través de la red.
Cuando el Asistente de Migración.app haya hecho su trabajo, puedes iniciar sesión en el sistema, comprobar que todo está como se esperaba y, opcionalmente, eliminar la cuenta de administrador inicial que creaste en la segunda unidad. Todos los datos de la primera unidad deberían migrar a la segunda, y la segunda unidad también debería tener una partición de recuperación que funcione.