¿Puede la aplicación de iOS evitar/saltar la ventana del código de acceso del dispositivo si conoce el código de acceso?

La respuesta es bastante similar a la de MacOS:

La intención del sistema es (por supuesto) que las aplicaciones no puedan saltarse estas indicaciones de código de Windows, y que no puedan "simplemente" poner un código si lo saben.

Del mismo modo, en las versiones recientes de MacOS, las aplicaciones no pueden "simplemente" interactuar con los controles de Windows que no han mostrado. Sin embargo, puedes dar permisos a las apps para que lo hagan (por ejemplo, una app que te permita crear macros de acciones dentro de otros programas sería un buen ejemplo de cuándo quieres realmente permitir este comportamiento).

Sin embargo, como tu pregunta sobre MacOS se centraba en el malware, lo mismo ocurre con el malware en iOS: si la aplicación no "sigue las reglas" y explota intencionadamente las debilidades de la implementación del sistema operativo, es teóricamente posible que las aplicaciones se salten estas indicaciones si conocen el propio código de acceso. En realidad no es "teórico", es decir, "no se puede hacer en la práctica", sino más bien "será una molestia hacerlo".