He instalado homebrew http://brew.sh/ y osquery https://osquery.io/ . Entonces
select * from preferences where domain like "%system%";
que mostraba una lista de ajustes de preferencias que podían ser interesantes. ThirdPartyCount era 0, lo que me pareció incorrecto. Así que hice una copia de seguridad de ~Library/Preferences/com.apple.systempreferences.plist y usé XCode para editar el valor a 3 (que es el valor que esperaba). Después de un reinicio volvió a cero.
Después de buscar más en Google, encontré que /Library/PreferencePanes contiene paneles de preferencias de terceros. Los alias que había allí estaban rotos porque había eliminado manualmente los complementos del navegador de "/Library/Internet Plug-ins". Así que borré los alias realmente muertos, volví a instalar Java y ahora la fila inferior se muestra como se esperaba. Gracias por toda vuestra ayuda.
(nota: AirDisplay solía tener un prefpane creo pero la última versión ya no lo tiene)