Mirando el especificaciones técnicas para los últimos iMacs de Apple, todos los modelos de 21,5" parecen tener discos duros de 5400 rpm a menos que hayas actualizado el tuyo específicamente. (No encuentro un modelo de 3,5 GHz en realidad así que no pude verificar tu modelo y tampoco pude comentar para preguntar).
Partiendo de la base de que efectivamente tienes un modelo con una inmersión de 5400 rpm, tu tiempo de arranque no parece descabellado. Por supuesto, el hecho de que hayas publicado sobre ello nos lleva a preguntarnos si tu tiempo de arranque era mucho más corto antes de Yosemite.
Una unidad SSD (o quizás una unidad Fusion) mejoraría drásticamente el tiempo de arranque (y probablemente también el rendimiento general) en comparación con una unidad de 5400 rpm.
El tiempo de arranque también podría mejorar si haces una instalación limpia de Yosemite. Supongo que parte de la razón por la que elegiste actualizar es que tú, como yo, tienes demasiadas cosas que serían una molestia para reinstalar. Tener muchas aplicaciones y archivos en el disco duro creo que también podría afectar al tiempo de arranque, ya que el sistema operativo probablemente hace algo de indexación y quién sabe qué más en el sistema de archivos cuando el sistema está arrancando.
TL;DR: Si tienes un 5400-rpm no es descabellado que los tiempos de arranque sean tan largos. Una instalación limpia del sistema operativo podría ayudar, pero la mayor mejora se vería con una actualización a un SSD.
