Yo probaría un par de cosas.
Primero crea otro usuario y conéctate como ese usuario y mira si alguno de tus problemas se repite. Si lo hacen, entonces está relacionado con el sistema y no con el entorno del usuario. Si no lo hacen, es probable que haya un elemento de inicio para ese usuario que esté causando el problema.
A continuación, reinicie el Mac mientras mantiene pulsada la tecla Mayúsculas. Cuando vea el logotipo gris de Apple puede soltar la tecla de mayúsculas. El arranque podría tardar un lote más tiempo de lo normal, esto es normal. Finalmente, la pantalla de arranque mostrará " Modo seguro.
Una vez que haya arrancado y haya iniciado la sesión, haga funcionar el Mac y vea si puede duplicar el problema. Si no es así, entonces hay algo que se instaló o el O/S se ha corrompido. Ver el modo seguro apaga todas las cosas instaladas por el usuario y algunas partes del O/S para darle un entorno de trabajo.
Así que si los problemas persisten en el modo seguro, haz una copia de seguridad de tus cosas, arranca en el modo de recuperación de Internet y vuelve a instalar el sistema operativo. Si no es demasiado inconveniente y tienes una buena copia de seguridad y copias de todo lo que has instalado, yo volvería a formatear el disco duro y empezaría de nuevo, sólo para asegurarme de que eliminas cualquier archivo o aplicación dañado/corrompido/mal hecho.
La parte menos divertida de ahora es que puede haber un fallo de hardware. En ese caso, pide una cita con un Genius en tu Apple Store local y cuéntales lo que ya has hecho. Asegúrate de hacer una copia de seguridad de tu Mac antes de llevarlo a Apple, ya que podrían reformatear la unidad mientras solucionan tu problema.
También puede publicar todas las descripciones largas de las aplicaciones que se bloquean, ya que puede ayudar a reducir el problema.