¿Cómo establecer la posición y/o el tamaño de la ventana por defecto?

En Terminal puedes cambiar el tamaño de la ventana por defecto desde Preferencias > Configuración > Ventana:

También puede utilizar los grupos de ventanas para establecer una posición y un tamaño por defecto para la ventana que se abre al iniciar el Terminal (pero no para las nuevas ventanas que se abran posteriormente).

Yo uso Secuencial y Descremada como alternativas a la Vista Previa y iTermino 2 como alternativa a Terminal. Todos ellos tienen una opción para abrir Windows en pantalla completa por defecto, y todos ellos tienen sus propias implementaciones (pre-Lion y realmente utilizables) para Windows en pantalla completa.

Los tamaños de las ventanas del Finder se guardan en .DS_Store y no hay ajustes de tamaño de ventana por defecto en com.apple.Finder.plist o cualquier otra cosa. Yo uso un script como este para restablecer las propiedades de Windows:

tell application "Finder"
    if number of Finder windows is 0 then return
    tell Finder window 1
        set toolbar visible to false
        set sidebar width to 0
        set statusbar visible to false
        set current view to column view
        set bounds to {960, 44, 1920, 1076}
        tell its column view options
            set shows icon to false
        end tell
    end tell
end tell

Pizarra (un gestor de ventanas) es extremadamente configurable, y el uso del archivo de configuración de JavaScript le permitirá hacerlo. Eventos como la apertura de una ventana se puede manejar con una llamada de retorno de JavaScript que mueve la ventana para llenar la pantalla.

Un ejemplo de lo que quiere: (tomado casi directamente de la página wiki)

slate.on("windowOpened", function(event, win) {
    if (win.app().name() === "Terminal" || win.app().name() === "Preview") {
        win.move("x" : "screenOriginX", "y" : "screenOriginY",
                 "width" : "screenSizeX", "height" : "screenSizeY");
    }
});

Me gustaría ayudarte con la respuesta correcta que se da en SuperUser: ¿Qué controla los tamaños y posiciones de las ventanas guardadas/por defecto en OS X?

Además de eso, si no quieres meterte con los archivos .plist te puedo recomendar BetterSnapTool que se puede utilizar para arrastrar un programa a la parte superior de la pantalla como se puede hacer en Windows 7 por defecto.

En OSX 10.9, cuando arrastro la ventana de la Terminal a un lugar diferente, y luego la cierro, la nueva ubicación se recuerda al relanzarla. Para cambiar el tamaño de la ventana, en Preferencias -> Texto, puedes hacer más grande el tamaño de la fuente, que se recordará. En Preferencias -> Ventana, puedes establecer el número de filas/columnas también.

Consigue una aplicación llamada SizeUp. No es gratuita, pero se amortiza rápidamente en productividad.