No debe clonar el mapa de particiones de un disco de 4096 Bytes a un disco de 512 Bytes (y viceversa) directamente. 4096 Bytes/512 Bytes son los tamaños de bloque del dispositivo aquí.
Las principales diferencias son el primer bloque (bloque=0) y la cabecera GPT (bloque=1):
Mientras que el MBR (PMBR) de un disco de 512 sólo ocupa 512 bytes (bloque(512)=0), el MBR de un disco de 4096 ocupa todo el primer bloque y el GUID comienza en el bloque(4096)=1 (que se traduciría en bloque(512)=8).
La primera cabecera GPT en un disco de 512 ocupa el segundo bloque (Bloque(512)=1), la primera cabecera GPT en un disco de 4096 ocupa todo el segundo bloque y la tabla de partición GUID comienza en el bloque(4096)=2 (que se traduciría en el bloque(512)=16).
Ejemplos:
Tamaño del bloque del dispositivo: 512
0 1 PMBR
1 1 Pri GPT header
2 32 Pri GPT table
34 6
40 409600 1 GPT part - C12A7328-F81F-11D2-BA4B-00A0C93EC93B
409640 size-main-v 2 GPT part - 53746F72-6167-11AA-AA11-00306543ECAC
totalsize-1269576 1269536 3 GPT part - 426F6F74-0000-11AA-AA11-00306543ECAC
totalsize-40 7
totalsize-33 32 Sec GPT table
totalsize-1 1 Sec GPT header
Tamaño del bloque del dispositivo: 4096 (entre paréntesis el "respectivo" tamaño de bloque/bloque inicial de 512)
0 (0) 1 (8) PMBR
1 (8) 1 (8) Pri GPT header
2(16) 4 (32) Pri GPT table
6(48) 51200(409600) 1 GPT part - C12A7328-F81F-11D2-BA4B-00A0C93EC93B
76806(..) size-main-v 2 GPT part - 53746F72-6167-11AA-AA11-00306543ECAC
totalsize-158697(..) 158692(..) 3 GPT part - 426F6F74-0000-11AA-AA11-00306543ECAC
totalsize-5(..) 4 (32) Sec GPT table
totalsize-1(..) 1 (8) Sec GPT header
En consecuencia, no clone la tabla de partición, sino créela usted mismo:
sudo gpt create diskX #(with diskX the disk identifier of the target disk(512)
Luego añade la EFI, la partición principal y el Recovery HD. Simplemente empieza en el bloque 40(512) de tu disco(512) mientras multiplicas los tamaños de las particiones del disco(4096) por 8:
sudo gpt add -b 40 -s (size-old-efi*8) -i 1 -t C12A7328-F81F-11D2-BA4B-00A0C93EC93B diskX
sudo gpt add -b 40+(size-old-efi*8) -s (size-old-main-vol*8) -i 2 -t 53746F72-6167-11AA-AA11-00306543ECAC diskX
sudo gpt add -b 40+(size-old-efi*8)+(size-old-main-vol*8) -s 1269536 -i 3 -t 426F6F74-0000-11AA-AA11-00306543ECAC diskX
Su partición EFI de origen probablemente tiene 51200 bloques (4096) o 76800 bloques (4096).
