He visto este problema antes, y parece ser un error en la vista previa en 10.11. Hace algo raro con fuentes TrueType específicas (incluyendo algunas suministradas previamente por Apple) que causa este efecto. Los documentos en cuestión se ven perfectamente bien, pero cuando intentas guardar o imprimir desde Vista Previa, los recodifica incorrectamente de alguna manera, dando lugar a los cuadrados.
Los mismos documentos se ven, se guardan y se imprimen bien en las 10 versiones anteriores de OS X, y también funcionan perfectamente en cualquier otra plataforma.
He visto algunas sugerencias de que reemplazar/arreglar las fuentes del sistema lo arreglará - sin embargo, eso no ayudará en muchos casos - particularmente no con PDFs de terceros, ya que las fuentes estarán subconjuntadas e incrustadas en el documento.
Tu mejor opción es intentar reportarlo a Apple. Es un verdadero problema, porque hay millones de PDFs ya creados que no pueden cambiar porque Apple decida que no va a arreglar su producto.
También deberías informar a tu proveedor de energía; es posible que su proveedor de impresión pueda solucionar el problema cambiando los tipos de letra o presentando el texto como una imagen.
Por supuesto, eso no ayudará al número desconocido de futuros PDFs que puedan encontrar el problema, así que definitivamente repórtalo a Apple. Cuantas más personas lo reporten, más se darán cuenta de que es un problema que necesita ser solucionado.
