Esto se debe a que está arrancando en una partición separada de su disco duro. FileVault identifica los volúmenes a través de las particiones, por lo que cuando se cifra el "disco duro" es la partición que contiene el volumen de arranque y los datos solamente. La partición de recuperación y cualquier otra partición adicional nunca se cifran.
Sin embargo, esto no es una causa segura, ya que arrancar en la partición de recuperación no expone su volumen encriptado ni le da acceso a él. De hecho, si necesitas reparar las ACL's y los permisos de tu carpeta de usuario; lo que harías a través de tu partición de recuperación, tendrías que ejecutar algunos comandos de terminal para desbloquear tu partición encriptada antes de poder hacer las reparaciones.
El campo de entrenamiento sería un buen ejemplo de ello. Con Boot Camp, su disco duro está ahora particionado en dos volúmenes; uno para Mac OS y otro para Windows. Esto sumaría tres particiones en tu disco duro. FileVault sólo cifraría la partición del disco duro de Macintosh y no tocaría la partición de Windows ni la de recuperación; pero en ningún momento podrías acceder al contenido de tu disco duro de Macintosh a través de Windows o del modo de recuperación.
