Hay una forma ligeramente complicada que sigue funcionando: ir al menú superior Herramientas y abrir Inspector . Aparece una pequeña ventana, seleccione el icono del extremo derecho de la ventana ("Inspector de anotaciones").
En la lista de todas las anotaciones seleccione una y pulse comando+a (seleccionar todo) y luego suprimir (retroceso) para eliminar todas las anotaciones.
Después de imprimir (¡sin cerrar el documento en el medio!) puedes recuperar tus anotaciones a través de comando+z (deshacer) - para esto no debería importar si el inspector está seleccionado o la ventana principal de vista previa.
Encontré la guía en este post de hace cinco años aquí: https://protips.maxmasnick.com/preview-dot-app-remove-all-highlights-and-annotations-quickly
Pero ahora sigue funcionando (versión 10.1).
Edición: Acabo de descubrir que con este método tienes que desplazarte hacia abajo en el documento y repetir los pasos de eliminación para cada página.