No estoy seguro de entender lo que está tratando de hacer. Un disco está encriptado sólo en virtud de recibir datos encriptados, no encripta nada en sí mismo. Así que si escribes desde tu disco no encriptado a tu disco encriptado (a través de Time Machine), todos los datos todavía tienen que ser encriptados por tu mac antes de ser escritos en el medio externo. Así que no veo por qué cifrar una unidad vacía antes de escribir en ella debería cambiar algo.
La razón por la que el cifrado no tiene un impacto notable en el rendimiento es que el cuello de botella de la velocidad en este negocio es el acceso al disco, que es mucho más costoso en términos de tiempo de ejecución que el cifrado de los datos. Los procesadores modernos incluso tienen instrucciones especializadas para acelerar, por ejemplo, el AES que se utiliza para Time Machine, creo. Así que, aunque funcionara como tú crees, probablemente no ganarías mucho.