No hay respuestas fáciles a esto. Va a depender de cosas como la cantidad de memoria que tenga tu sistema, cuáles son las aplicaciones, qué tan bien están escritas, etc.
Por ejemplo, si tiene una pequeña cantidad de memoria y la comprobación del Monitor de Actividad muestra poca memoria disponible, o mucho espacio de intercambio siendo utilizado. Entonces probablemente quieras asegurarte de que las aplicaciones se cierran para que haya más memoria disponible. A esto se suma el hecho de que, aunque salgas de una aplicación, OS X no la elimina de la memoria hasta que necesita el espacio para otra cosa. Por eso, salir y volver a abrir una aplicación es más rápido que la primera vez que la iniciaste. Si la aplicación sigue en la memoria, OS X sólo tiene que iniciarla de nuevo. Por supuesto, en una situación de escasez de memoria, OS X elimina automáticamente las aplicaciones de la memoria que han sido abandonadas para que la memoria pueda estar disponible para otra cosa.
Las aplicaciones para las que has cerrado todas las ventanas, pero no las has abandonado, pueden afectar al sistema. Depende de lo que hagan. Así que la memoria, la CPU y la batería pueden ser consumidas. De nuevo, el Monitor de Actividad es tu amigo para determinar si alguna de tus aplicaciones está causando problemas.
En general, si tienes suficiente memoria, y tus aplicaciones se comportan bien en términos de chupar tu batería, entonces si sales o cierras no va a importar. Por suerte, las aplicaciones de OS X suelen comportarse bastante bien.