No es posible desactivar esa funcionalidad. Los archivos de libros electrónicos de Apple (EPUB) están protegidos por DRM (Digital Rights Management) y la forma de DRM de Apple se llama FairPlay. Frecuentemente actualizan sus métodos de DRM para frustrar a los programadores que han hecho ingeniería inversa en el pasado.
Apple Books inserta la línea ofensiva al copiar en el portapapeles. Lo que puede hacer es escribir un flujo de trabajo de Automator o una aplicación para obtener el contenido del portapapeles, filtrar para eliminar la línea ofensiva "Extracto de ..." y poner el resto en el portapapeles. A continuación, podría poner el flujo de trabajo en el Dock y ejecutarlo después de copiar el texto del libro electrónico. Una vez que está en el portapapeles es tuyo para modificar.
Ejemplo: (adapte a sus necesidades específicas)