Según Apple deberías probar algunas opciones:

Compruebe el ratón y el teclado

• Este problema puede ocurrir si se pulsa un botón del ratón o del trackpad durante el arranque. Asegúrate de que el botón no está pulsado.

• Si el problema persiste, apague su Mac con el botón de encendido, desconecte cualquier ratón y teclado externos, y luego encienda su Mac con el botón de encendido. Si el problema del signo de interrogación intermitente persiste, vuelva a conectar el teclado y el ratón.

Si su Mac sigue con un signo de interrogación parpadeante, siga los siguientes pasos. Si alguno de los pasos resuelve el problema, no es necesario continuar con el siguiente.

• Seleccione su disco de inicio de Mac OS X con el Gestor de Inicio reiniciando y manteniendo la tecla Opción. Después de que su Mac se inicie, reinicie de nuevo para verificar que el signo de interrogación parpadeante no aparece.

• Si el problema persiste, inserte el disco de instalación de Mac OS X. Asegúrese de utilizar el disco que venía con su Mac o, si ha instalado una versión posterior de Mac OS X desde el disco, utilice el disco más nuevo.

• Nota sobre el Macbook Air: En un Macbook Air, hay dos opciones para arrancar desde los medios de Mac OS X: Conectar un SuperDrive del Macbook Air al Macbook Air a través del puerto USB y reiniciar el ordenador, manteniendo pulsada la tecla C durante el arranque, o utilizar la Instalación Remota de Mac OS X para arrancar desde un DVD de software del sistema que se encuentre en un ordenador asociado. Una vez arrancado desde el soporte de Mac OS X, vaya al paso 3.

• Reinicie el ordenador y mantenga pulsada la tecla C durante el arranque.

• En el menú Utilidades, seleccione Utilidad de Discos. No hagas clic en Continuar.

• Seleccione su disco Mac OS X (llamado "Macintosh HD" por defecto) en la parte izquierda de la ventana de la Utilidad de Discos.

• Haga clic en la pestaña de primeros auxilios.

• Haga clic en Reparar Disco para verificar y reparar cualquier problema con su disco de inicio de Mac OS X.

• Después de reparar el disco, intente arrancar normalmente.

  Importante: Si la Utilidad de Discos encuentra problemas que no puede reparar, es posible que tenga que hacer una copia de seguridad de todos sus datos (o utilizar Time Machine para hacer una copia de seguridad en un disco diferente), y luego borrar el disco y reinstalar Mac OS X.

• Si el problema persiste, y la Utilidad de Discos no encontró ningún problema irreparable, salga de la Utilidad de Discos, salga del Instalador, seleccione su disco cuando se le pida y reinicie.

• Si el problema continúa, reinicie la PRAM. Nota: Después de restablecer la PRAM, si el ordenador se inicia con normalidad, vuelva a seleccionar el disco de inicio en las preferencias de Disco de Inicio.

• Si ninguno de estos pasos resuelve el problema, inicie desde el disco de instalación de Mac OS X y reinstale Mac OS X.

De:
A flashing question mark appears when you start your Mac
http://support.apple.com/kb/ts1440

Significa que el volumen desde el que estás tratando de arrancar no es booteable - quizás el directorio /System ha sido borrado, o un SO no ha sido instalado en absoluto, o el disco podría incluso estar fallando.

Significa que el ordenador no puede encontrar un disco utilizable con un sistema operativo utilizable en él.

Introduce el DVD de instalación de Mac OS X que viene con tu ordenador. Mantén pulsada la tecla c del teclado y sigue manteniéndola mientras enciendes el ordenador.

Intenta reinstalar el sistema operativo. Si el instalador no puede encontrar un disco para usar significa que hay un problema con el disco duro.

Si puedes reinstalar con éxito, eso debería solucionar el problema. No hay forma de saber con seguridad cuántos de tus datos sobrevivirán.

Buena suerte.