No es tan sencillo, ya que Time Machine puede o no almacenar los archivos en una estructura de carpetas plana. Las copias de seguridad en red se almacenan como una imagen de disco dispersa y además rsync no respeta todas las ACL y permisos posibles ni se ocupa de los permisos especiales de la carpeta de usuario, subcarpetas de usuario, aplicaciones y otros casos especiales.
Si puede precisar qué archivos se están copiando y confirmar que el directorio de su máquina no está almacenado en una imagen de disco, rsync podría ser aceptable en circunstancias limitadas para copiar archivos de usuario que carecen de permisos especiales.
En su caso concreto, los archivos están efectivamente enlazados, lo que no supondrá ninguna diferencia para rsync. Cuando apuntas a rsync a una instancia específica en el tiempo en tu copia de seguridad - realmente no importa cuántos otros enlaces duros o blandos apuntan a los archivos que estás restaurando. El sistema de almacenamiento leerá los datos de la unidad externa como si los archivos fueran la única copia en la unidad USB. Ésa es la magia de los enlaces duros: dos entradas de directorio apuntan al mismo archivo, de modo que no se puede distinguir, al leer el archivo, si se trata de un enlace o de un archivo. Sólo si se consulta el recuento de enlaces puede un programa saberlo, y a rsync no le importa el recuento de enlaces duros cuando lee.
Deberías estar listo para cualquier restauración de archivos como documentos o imágenes.